In het Doen Wat Werkt-programma werken veel partijen samen; organisaties voor specialistische jeugdhulp, hogescholen, universiteiten, organisaties van ervaringsdeskundigen en cliëntbelangorganisaties, beleidsmedewerkers en diverse experts.

De penvoeder van Doen Wat Werkt is de Hogeschool van Amsterdam. Leonieke Boendermaker, Lector Jeugdzorg aan de HvA en bijzonder hoogleraar Implementatievraagstukken in de Jeugdzorg aan de UvA, en Bram Orobio de Castro, hoogleraar Orthopedagogiek aan de UvA, zijn de programmaleiders. Samen met Aurelie Lange, senior onderzoeker Jeugdzorg bij de HvA vormen zij het Dagelijks Bestuur van Doen Wat Werkt. Maartje Gerretsen ondersteunt het DB en is verantwoordelijk voor de organisatie van bijeenkomsten en de interne en externe communicatie.

Het Doen Wat Werkt-programma bestaat uit zes Werkpakketten (deelprojecten), welke ieder twee trekkers (ofwel leiders) hebben. Daarnaast zijn er de Research and Development Group (RDG), de  Programma Advies Commissie (PAC), de Stuurgroep en Adviesgroep Ervaringsdeskundigen.  

Op donderdag 23 november 2023 was de Startconferentie van Doen Wat Werkt op de Hogeschool van Amsterdam. Alle deelnemende partijen hebben nader kennis met elkaar gemaakt. Ook is de inhoud van het programma met elkaar besproken. De verschillende presentaties, producten en ook een video zijn op deze pagina te vinden.